在第二部之中残留的申请已经让人类对变种人的仇恨超越了底线，尽管有x教授带领的身怀绝技的x警们不断在其中周旋，可仍旧没有办法改变现在发生的这种变化，同样还有的是万磁王的虎视眈眈。

一场前所未有的人类和变种人之中也变得剑拔弩张，与此同时，金刚狼和独眼龙也没有从失去挚爱的痛苦之中缓和过来，事情就像是完全超出了自己预料的范围那样，变得愈发的难以收拾局面，同样这些事情也开始变的扑朔迷离起来。

终于金刚狼破译了自己的基因密码，再度振作，四个人重新在一起，尽管有情感的纠缠，可是他们仍旧坚持面对所有残酷的事情，而到了这个时候人类因为对变种人力量的畏惧，似乎也终于失去了耐心，开始不断的向变种人宣战。

原本普通人类和变种人之中不断周旋的X教授，也开始尽心了深思，到底自己长就这样做值不值得，因为在他看来变种人跟人类没有太大的区别，他们只是拥有了超越人类的力量，也正是因为这样，他们被迫承担起的是保护世界的和平，和万磁王所率领的邪恶力量为敌，可就算这样人类仍旧不能够理解这些X警。

在不断被人类逼迫和挑衅的情况下，为了能够让变种人更加好的活下去，并且在这个世界上继续存在，X教授终于选择要跟邪恶的万磁王联手，其实也只是为了背水一战，保护住这些可怜的变种人。

可是不论发生任何的事情也是让变种人自己心中产生了各种各样的想法，本该是他们保护着这个世界，同样也是保护那些普通的人类，为什么人类因为害怕变种人会对自身造成威胁，就不断的去伤害他们，终究也是有了不同的想法，可是在这些X战警之中一边要自保的时候还要去防止万磁王的野心在变种人心中蔓延，不能趁着这个机会让对方得手。

就是在这样的情况下，反而给人了一种很明显的对比，同样都是变种人，可是有些人却能够保持原有的人性，就算是在被人类给怀疑上海的同时，也仍旧是在坚持自己心中多坚定的东西，这恐怕也是X教授留给他们的重要东西，不论到了任何时候都不会忘记的东西。