结局如下：

柯南(新一)在最后的几集中，因为身份被黑暗组织识破，而遭到追杀，黑暗组织首领下令，柯南(新一)和灰原哀(Sherry)知道了组织的秘密，为了不要让情报传到警方手里，一定要杀了他们，柯南(新一)不敢回毛利家，怕托累他们，阿笠博士的家更不能回，黑暗组织早就派人监视着。

柯南(新一)和灰原哀(Sherry)躲在一间废屋里，这样躲着也不是办法，柯南(新一)决定一个人去与黑暗组织了断，灰原哀(Sherry)不同意，眼泪终于流了出来，抱着柯南，劝柯南(新一)不要去，但柯南(新一)却不听，用麻醉手表想让她睡着，不料却被她躲过了。

青山老师说，在柯南(新一)决意离开去找黑暗组织了断时，与灰原哀(Sherry)的对话很精彩!另一方面，警方早就秘密调查着黑暗组织的事，目前已经掌握足够的证据!小兰对柯南怀着疑问，偷偷地调查工藤家有没有姓江户川的远房亲戚，结果证实了她的想法，工藤家，只有住在东京的太保家和大板松田家是亲戚。

除此之外，还有几户远房亲戚的也都不姓江户川，小兰怀疑是阿笠博士弄了什麽药让新一变小了，于是决定去找阿笠博士，到他家门口却发现有几个穿黑色西装，戴太阳眼镜的可疑人在阿笠博士家附近排徊，便从后墙爬进去，一进屋发现屋里乱七八遭的，地上还摊着片血。

小兰知道博士家有地下室，便前去，在地下室里，发现受伤的阿笠博士....柯南(新一)服下哀刚刚研制的暂时性解药，变回了原样，这个解药的效果可以维持很长一段时间!是灰原哀(Sherry)熬了几天几夜研制的。直到第二天，阿笠博士醒过来了，同时新一也到达黑暗组织的巢穴。

博士得知自己也昏睡了一天了，怕新一出现什麽意外，要是落入他们(黑暗组织)手里，就别想活着走出来，在他无奈之际，在小兰苦苦逼问柯南的真实身份之际，博士为了新一，只有向小兰坦白，道出柯南就是新一的事实，并且要求小兰，秘密侦求警方的帮忙，并且通知毛利小五郎，一起去解救新一。

小兰在得知柯南就是新一之后，在知道新一并没有离开她，一直都在她身边之后，回想了很多，通知了她父亲毛利小五郎，随后与警方秘密取得联系。

新一见到了琴酒(GIN)，伏特加，贝尔摩多(沙龙)跟基安蒂、科恩，在此得知，除他们之外，还有另一神秘人物，他被琴酒(GIN)称"那位先生"，也是黑暗组织的策划者-三只犬。

新一逼问黑暗组织到底在研究些什么，组织有什麽阴谋，琴酒(GIN)透露，让工藤新一死个明白，黑暗组织的目的是完全控制东京，铲除警方跟他们的克星__FBI，新一与黑暗组织展开激战，随后基德也加入了，为了查明父亲惨死的真相，与新一一起大大出手。

其实，基德，也就是黑羽快斗，他父亲原本就是第一代怪盗基德-黑羽盗一，后来在一次偶然的事件中被卷入某件事中而被秘密组织所杀，快斗（基德）为了寻找那个组织，成为下一任怪盗基德，秘密调查那个杀害父亲的组织，那个组织，就是黑暗组织。

为报杀父之仇，化身基德，希望能够引诱黑暗组织出来，不停地作案，得知高中生工藤新一因为看到了某组织的秘密交易而被变成小孩，基德觉得不可思议，记得父亲的档案里也有提过，那个组织也在秘密研究些药物。

于是，开始与工藤新一接触，其实，那几次和工藤新一对决都不是偶然的，都是他刻意的，为的就是等待黑暗组织，工藤新一找出黑按组织，后来，新一与黑暗组织几次磨擦，基德终于见到了父亲档案中提到的黑暗组织人员-琴酒(GIN)，因而开始了他的复仇计划。

在最后一集中，基德被琴酒(GIN)打中右手，新一为救基德，最后被逼得走投无路了!琴酒(GIN)本来想结束他和基德的性命的，黑暗组织首脑，想出了一条计谋，利用新一他们做为引诱雪莉的诱耳。每一个结局都大大出乎意料。

黑暗组织的首脑，其实就是铃木财团，铃木史郎的秘书-西野真人，看起来斯斯文文的一个小伙子，没想到竟然是可怕的黑暗组织的首脑，新一怎么也没想到，这下子，不光是小兰，连铃木家都要受到牵连。

新一的父亲，工藤优作，在铃木财团的一次酒会中其实早就对西野真人表示怀疑，只是没有证据，于是开始调查，但结果青山老师没有透漏，据说，大大出乎意料，阿笠博士的真面目，毛利小五郎隐藏多年的级密档案....种种真相，都特别精彩。

另外，灰原哀（Sherry），在最后关头中，非常的勇敢，一心想为父母和姐姐报仇，杀死了贝尔摩得(沙龙)跟基安蒂、科恩，琴酒(GIN)与小兰一对一空手道对决，他也是个高手！结局大大出乎意料，也非常紧张的，西野真人果然利用铃木一家作为人质，就连警视厅最高领导人，地方委员都被囚禁起来。

扩展资料：

漫画《名侦探柯南》是连载于《周刊少年Sunday》的推理漫画，开始连载于1994年。漫画讲述了主人公江户川柯南以天生的推理能力对抗神秘组织，并与同伴一起解决无数案件的故事。作品亦改编为同名电视动画。

作品的创作契机是1992年在《周刊少年Magazine》开始连载的《金田一少年之事件簿》所引发的推理漫画热潮。该作品也是《周刊少年Sunday》为了对抗后者而诞生的。

青山刚昌在其前一部作品《城市风云儿》连载结束后，经过仅4周时间的作品构思，即开始创作《名侦探柯南》漫画。

为构思柯南的故事和形象，青山刚昌把阿瑟·柯南·道尔的《福尔摩斯探案全集》拿出来进行了反复研究。因为“名侦探柯南”这个名字会让人想到《未来少年柯南》，所以杂志主编说用“道尔”更好。

但是青山觉得“柯南”比“道尔”的语感更好，所以坚持使用“名侦探柯南”这个名字。不过在连载前，发表预告时主编还将漫画名字错写成了“侦探少年柯南”。

参考资料：

百度百科-名侦探柯南

还没有大结局哦

现在青山刚昌的漫画连载的虽然很快，也很快会画到主线的剧情，但是动漫TV版本还在慢慢更新，离大结局的日子还屈指可数哦！